La compañía Sorocabana fue inaugurada en 1875, bajo la dirección del empresario húngaro Luís Matheus Maylasky y financiación del Imperio para poner en marcha el proyecto. Debido al elevado costo de mantenimiento y a la mala gestión del ferrocarril, la empresa contrajo muchas deudas, por lo que recurrió a préstamos para saldarlas. La situación financiera de Sorocabana se agravó tras la crisis de la producción algodonera y, en 1880, el gobierno imperial, su mayor acreedor, intervino en su administración. La principal medida fue trasladar la sede de la empresa de São Paulo a Rio de Janeiro (entonces capital del Imperio), con el objetivo de establecer una supervisión más estricta.
En diciembre del mismo año, el banquero Francisco de Paula Mayrink, uno de los personajes más ricos e influyentes del Imperio, adquirió la compañía ferroviaria Sorocabana. Su ambición era extender las vías hasta la costa, lo que pondría fin al monopolio de São Paulo Railway Company. Esta expansión resultaba crucial para la Sorocabana, pues le permitiría conectar el oeste de São Paulo y la costa sin depender de la compañía británica. En 1892, la Sorocabana absorbió la endeudada compañía Ituana, eliminando así su principal competidora en el transporte del interior paulista.
El proyecto de construcción de la línea férrea que conectaría el interior paulista con Santos fue aprobado por el gobierno en 1895, pero nunca se materializó por falta de fondos. En 1901 salieron a la luz irregularidades administrativas, entre ellas, malversación de fondos y hurto de materiales de construcción. Ante esto, el interventor federal Francisco Casemiro Alberto da Costa sugirió vender la Sorocabana. Como no surgieron ofertas para asumir las deudas, el gobierno decidió hacerse cargo de la compañía y designó como director al ingeniero Alfredo Maia, quien ya dirigía el Ferrocarril Central do Brasil.
En 1904, la Sorocabana salió a subasta y pasó a manos del Gobierno Federal, que delegó la gestión de la empresa al Estado de São Paulo. Tres años después, fue concesionada a un consorcio franco-americano que ya controlaba otras compañías ferroviarias en los estados del sur de Brasil, Paraná, Santa Catarina y Rio Grande do Sul, bajo la dirección del inversor estadounidense Percival Farquhar.
Tras el estallido de la Primera Guerra Mundial en 1914, el capital de Farquhar comenzó a erosionarse y sus empresas se sumieron en una grave crisis. El deterioro fue tan acelerado que ese mismo se declaró su quiebra en Estados Unidos. Durante los años siguientes, el gobierno federal y los estados sureños de Brasil intentaron rescatar los ferrocarriles estratégicos, librando una batalla legal contra Farquhar en tribunales de ambos países.